《水泥工业大气污染物排放标准》显著加严了颗粒物、氮氧化物等污染物的排放限值，新建企业自2014年3月1日起，现有企业自2015年7月1日起，开始执行这一新标准。按照这个标准要求，水泥熟料生产企业还面临很多问题。
首先，部分水泥熟料生产线不符合法律法规要求。约15%的水泥熟料生产线未履行环保手续，违规建设并投入使用。85%以上的水泥熟料生产线窑头和27%的窑尾仍然使用电除尘设施，难以达到新排放标准。15%的水泥熟料生产线未建设烟气脱硝装置，新标准实施后，颗粒物和氮氧化物将无法达标排放。部分企业在石灰石开采中未严格落实防尘抑尘、生态恢复要求，导致矿区扬尘严重、生态恶化。
尤其突出的问题是，新标准实施中面临较大的经济和技术压力。一是污染治理设施改造和运行费用不菲。大部分水泥熟料线窑头和一定比例的窑尾仍采用静电除尘器除尘，新标准执行后将无法稳定达到相关标准，需要进行改造。如东北三省需要改造的生产线约有76条，改造费用约5亿元;而烟气脱硝运行增加的成本约为4～5元/吨熟料。按产能发挥率70%计算，年产熟料6083万吨，需增加运行费用2.7亿元。东北三省水泥熟料产能占全国比例为5%，可以预见，全国为执行新排放标准投入的改造费用将达到100亿元，年增加运行费用超过54亿元。
二是烟气脱硝工艺需要进一步探索和改进。烟气脱硝可以减少NOx排放，减轻对空气的污染。然而，目前采用的脱硝工艺主要为SNCR，面对400mg/m3以下的氮氧化物排放指标，其技术成熟度和操作稳定性欠缺。部分地区对企业NOx排放浓度提出了更高要求，要求烟气脱硝后排放浓度低于200mg/m3。由于SNCR烟气脱硝工艺本身具有局限性，NOx浓度降低必然需要喷氨量大幅提高，势必造成氨逃逸的二次污染，并且随着指标提高，脱硝的经济性急剧降低。
三是在环境标准实施过渡期间，运行脱硝设施和未建脱硝设施企业之间市场竞争有失公平。对于现有企业来说，距离新标准实施还有一段时间，部分企业已经按照新标准运行脱硝设施，增加了4～5元/吨的熟料成本，而其他未建脱硝设施的企业不存在脱硝成本增加问题。在激烈的市场竞争中，存在不公平现象。
其次，地方政府对节能工作支持力度不够。水泥熟料生产线配套余热发电机组，既能够降低生产成本，提高企业竞争力，又能减少企业从电网购买的电量。同时，电厂燃煤消耗量的减少，也减少了各类污染物排放量。目前，东北三省水泥熟料生产线余热发电建设比例较低，仍有28条生产线未配套建设余热机组，合计产能为2238万吨/年。由于东北三省窝电严重，个别省份对水泥熟料窑余热发电机组建设支持力度不足。
虽然国家对此有要求，企业配套建设意愿非常强烈，但是真正上项目时却遭遇重重阻力，相应支持政策缺乏。并且，机组建成发电后虽然只并网不上网，仍然要按上网电量收取相应管理费。
此外，生活垃圾、剩余污泥协同处置推进困难。水泥熟料窑协同处置生活垃圾、剩余污泥，技术上比较成熟。一条4000t/d熟料生产能力的生产线，每天可处置80%含水率污泥200～300t，处置生活垃圾200～300t。目前由于水泥行业产能总体过剩，多数水泥熟料生产企业转型意愿强烈。然而，目前东北三省只有两条协同处置剩余污泥的水泥熟料生产线，还没有协同处置生活垃圾的生产线。
究其原因，在于建设生活垃圾或剩余污泥协同处置设施需要投入。一般来说，配套建设4000t/d水泥熟料生产线，设计处置可燃性生活垃圾200t/d能力的设施，需投入1亿元左右。同时，日常运行也需要一定费用，每吨处置费用约150元，并需要保障原料有效、持续供给。各地目前在经济、环境政策方面均未给予支持，处置费用也距离处置成本有较大差距，使得这项工作无法有效推进。
